柏科在狭义上通常分为侧柏亚科（主要有侧柏属、崖柏属、罗汉柏属和翠柏属）、柏木亚科（主要有柏木属、扁柏属和福建柏属）、圆柏亚科（圆柏属和刺柏属）3个亚科。但按照系统发生原则，柏科在广义上又分为杉木亚科（Cunninghamioideae，主要有杉木属）、密叶杉亚科（Athrotaxidoideae，主要有密叶杉属）、台湾杉亚科（Taiwanioideae，主要有台湾杉属）、红杉亚科（Sequoioideae，主要有红杉属、巨杉属、水杉属）、落羽杉亚科（Taxodioideae，主要有落羽杉属、水松属、柳杉属）、柏松亚科（狭义上所指的柏科的一部份，主要有柏松属，澳洲柏松属，肖楠属等）、柏亚科（狭义上所指的柏科的一部份）。

根据系统发生的原则，柏科广义上分为杉木亚科（Cunninghamioideae，主要有杉木属)、密叶杉亚科（Athrotaxidoideae，主要有密叶杉属，台湾杉亚科（Taiwanioideae，主要有台湾杉属)、红杉亚科（Sequoioideae，主要有红杉、巨杉、水杉)、落羽杉亚科